Jetzt kann ich mir aber nur vorstellen dass ich insgesamt 2 mal über das ausgangsarray laufen muss. Einmal um die anzahl der nicht-null einträge zu bestimmen um dann das neue array alloziieren zu können und einmal um dann das array zu füllen mit den nicht-null einträgen.

Sehe ich das richtig das ich mit "normalen" arrays (also keine vectoren oder listen) hier wirklich 2 Läufe brauche?

int main () 
{ 
    char arr[] = {0, 7, 9, 4, 0, 3, 4, 0, 1};
    char* lesen = arr;
    char* schreiben = arr;
    int newlen = 0;
    
        for (int len = sizeof arr; len; lesen++, len--)
        {
            if (*lesen != 0)
                schreiben[newlen++] = *lesen;
        }  
    return 0; 
}

oder auch

#include <algorithm>
int main()
{ 
    char arr[] = {0, 7, 9, 4, 0, 3, 4, 0, 1};
    int newlen = std::remove( arr, arr + sizeof arr, 0 ) - arr;
    return 0; 
}