Generell: Je nach System gibt es Funktionen, um die Konsole direkt anzusprechen (conio.h, WinAPI-Konsolenfunktionen, improved Console etc) - dort gibt es bestimmt auch eine Funktion zum Cursor positionieren (gotoxy() oder so). Damit gehst du einfach an die richtige Stelle auf dem Bildschirm und schreibst abwechselnd deine Ausgabe und entsprechend viele Leerzeichen.
(alternativ gibt es gelegentlich auch ein Textattribut für "blinkender Text")

#include <iostream>

void wait (int s); // Bla, hab ich jetzt keine Lust zu.

int main ()
{
    for (;;)
    {
        std::cout << "\bO" << std::flush;
        wait (1);
        std::cout << "\b " << std::flush;
        wait (1);
    }
}