also ich konnte bis jetzt Commandline Programme versteckt starten, indem ich sie mit einem anderen Programm (hide.exe) gestartet hab.

Quellcode der hide.exe:

#include <windows.h>

int main(int argc, char **argv)
{

    if (argc != 2)
    {
        return EXIT_FAILURE;
    }

    STARTUPINFO lpStartupInfo;
    PROCESS_INFORMATION lpProcessInformation;

    ZeroMemory(&lpStartupInfo, sizeof(lpStartupInfo));
    lpStartupInfo.cb = sizeof(lpStartupInfo);
    lpStartupInfo.dwFlags = STARTF_USESHOWWINDOW;
    lpStartupInfo.wShowWindow = SW_HIDE;
    ZeroMemory(&lpProcessInformation, sizeof(lpProcessInformation));

    if (CreateProcess(NULL, argv[1], NULL, NULL, FALSE, 0, NULL, NULL, &lpStartupInfo, &lpProcessInformation) != NULL)
    {
        CloseHandle(lpProcessInformation.hThread);
        CloseHandle(lpProcessInformation.hProcess);
        return EXIT_SUCCESS;
    }
    return EXIT_FAILURE;
}

Allerdings funktioniert dies nun nicht mehr. Das Programm wird zwar gestartet, aber nicht mehr unsichtbar.
Ich finde irgendwie den Fehler nicht.

Eine andere Möglichkeit ist: Erzeuge eine Eigene Session (WinSta) und einen eigenen Desktop und starte das Programm dort. Dann sieht man es mit Sicherheit nicht