Ich würde gerne ein paar externe Befehle im Hintergrund ausführen.

system ("dir");
CreateProcess( NULL,   // No module name (use command line)
        "dir",        // Command line
        NULL,           // Process handle not inheritable
        NULL,           // Thread handle not inheritable
        FALSE,          // Set handle inheritance to FALSE
        0,              // No creation flags
        NULL,           // Use parent's environment block
        NULL,           // Use parent's starting directory 
        &si,            // Pointer to STARTUPINFO structure
        &pi )

Helfen mir da nicht wirklich, denn es "poppt" immer ein Konsolenfenster auf, was für den Programmfluss natürlich sehr lästig und unschön ist. Gibt es keine Möglichkeit, dass ich Befehle im Hintergrund ausführen kann, so dass der User nicht durch aufpoppende Konsolenfenster genervt wird?

Danke für die Hilfe

über createprocess kannst du startparameter übergeben, die das weis ich sicher den zu startenden process beeinflussen. unter anderem eben auch ob der zu startende process als Fenster angezeigt wird oder nicht.
versuch es mal so,

STARTUPINFO sInfo;
ZeroMemory(&sInfo,sizeof(sInfo));
sInfo.cb	= sizeof(sInfo);
sInfo.dwFlags = STARTF_USESHOWWINDOW;//Flag Damit das Mitglied von STARTUPINFO wShowWindow genutzt werden kann
sInfo.wShowWindow	= SW_HIDE;//Zeigt Fenster an oder nichtSW_SHOW 

system ("dir");
CreateProcess( NULL,   // No module name (use command line)
        "dir",        // Command line
        NULL,           // Process handle not inheritable
        NULL,           // Thread handle not inheritable
        FALSE,          // Set handle inheritance to FALSE
        0,              // No creation flags
        NULL,           // Use parent's environment block
        NULL,           // Use parent's starting directory 
        &sInfo,            // Pointer to STARTUPINFO structure
        &pi );

int WINAPI WinMain (HINSTANCE hThisInstance,
                    HINSTANCE hPrevInstance,
                    LPSTR lpszArgument,
                    int nFunsterStil)

{

    STARTUPINFO sInfo;
    PROCESS_INFORMATION pi;
ZeroMemory(&sInfo,sizeof(sInfo));
sInfo.cb    = sizeof(sInfo);
ZeroMemory( &pi, sizeof(pi) );
sInfo.dwFlags = STARTF_USESHOWWINDOW;//Flag Damit das Mitglied von STARTUPINFO wShowWindow genutzt werden kann
sInfo.wShowWindow    = SW_HIDE;//Zeigt Fenster an oder nichtSW_SHOW

system ("dir");
CreateProcess( NULL,   // No module name (use command line)
        "",        // Command line
        NULL,           // Process handle not inheritable
        NULL,           // Thread handle not inheritable
        FALSE,          // Set handle inheritance to FALSE
        0,              // No creation flags
        NULL,           // Use parent's environment block
        NULL,           // Use parent's starting directory
        &sInfo,            // Pointer to STARTUPINFO structure
        &pi );

    // Wait until child process exits.
    WaitForSingleObject( pi.hProcess, INFINITE );

    // Close process and thread handles. 
    CloseHandle( pi.hProcess );
    CloseHandle( pi.hThread );

}

=> Das Konsolenfenster kommt leider immer noch

laut msdn ruft der befehl system die cmd.exe im system32 ordner auf.
also setzt mal unter lpApplicationName die Pfadangabe anstatt NULL.

CreateProcess( "C:\\WINDOWS\\system32\\cmd.exe",   
"dir", 
...

und verzichte auf den aufruf system("dir") denn das erledigst du jetzt mit createprocess