#include "stdafx.h"
#include <iostream>
#include <fstream>
#include <string>
#include <sstream>
#include <vector>

using namespace std;

void processFile(string const& filename_in, string const& filename_out) {
	cout << filename_in;
	ifstream fs(filename_in);
	vector<string> container;
	char buffer[1024];
	try {
		while (fs.getline(buffer,1024))	
			container.push_back(buffer);
	} catch(...) {
		cout << "Buffer Overflow\nNächste Datei wird eingelesen" << endl;
	}
	fs.close();
	ofstream os(filename_out, ios::app);
	for (unsigned int i = 0; i < container.size(); ++i) {
		os.write(container[i].c_str(), container[i].size());
	}
	os.close();
}

int _tmain(int argc, _TCHAR* argv[]) {
	for (int i = 1; i <= 38; ++i) {
		stringstream ss;
		ss << i << ".txt" << endl;
		processFile(ss.str(), "words.txt");
	}
	cout << "Fertig" << endl;
	cin.get();
	return 0;
}

Wenn die Dateien unter 100 MB groß sind, funktioniert auch alles. Nur wenn sie größer als 100 kb sind, alloziiert mein Programm wie ein verrückter Speicher, bis Windows nichts mehr hergibt und abstürzt. Anstatt vector habe ich auch mal deque ausprobiert, das hat es aber auch nicht getan.
Weiß da jemand weiter?

Damit die Schnelligekit nicht so sehr an der Festplatte leidet, habe ich mir gedacht erst eine Datei in einem Container zwischenzuspeichern und den dann mit einem Mal zu schreiben.

Vergiss es. Dein geliebtes Windows (bzw. die C++-Library) macht dies intern, schreibt in einen Buffer und wenn der genügend voll ist, schreibt es diesen auf die Festplatte.
Die Performanz wird ganz sicher nicht an dem leiden, merklich besser wie es so ist, kann es gar nicht werden.

#include "stdafx.h"

using namespace std;

void processFile(string const& filename_in, string const& filename_out) {
	cout << filename_in << endl;
	ifstream fs(filename_in);
	if (!fs) {
		cout << "Konnte " << filename_in << " nicht \x94 \bffnen!" << endl;
		return;
	}
	ofstream os(filename_out, ios::app);
	char buffer[1024];
	while (fs.getline(buffer,1024))	{
		os << buffer << endl;
		memset(buffer,0,sizeof(buffer));
	}
	fs.close();
	os.close();
}

int _tmain(int argc, _TCHAR* argv[]) {
	for (int i = 1; i <= 38; ++i) {
		stringstream ss;
		ss << i << ".txt";
		processFile(ss.str(), "words.txt");
	}
	cout << "Fertig" << endl;
	cin.get();
	return 0;
}

Nur dauert es da 10 Minuten um 200 MB zu kopieren. Das ist etwas sehr langsam. Gibt es da irgendwelche Tricks, um das zu Beschleunigen?

using namespace std;

void processFile(string const& filename_in, ofstream& out) {
	cout << filename_in << endl;
	ifstream fs(filename_in);
	if (!fs) {
		cout << "Konnte " << filename_in << " nicht \x94 \bffnen!" << endl;
		return;
	}
	os << fs.rdbuf();
	// fs.close(); braucht es nicht
}

int _tmain(int argc, _TCHAR* argv[]) {
	ofstream os("words.txt", ios::app);
	for (int i = 1; i <= 38; ++i) {
		stringstream ss; ss << i << ".txt";
		processFile(ss.str(), out);
	}
	os.close();
	cout << "Fertig" << endl;
	cin.get();
	return 0;
}

void processFile(string const& filename_in, string const& filename_out) {
	cout << filename_in << endl;
	ifstream fs(filename_in);
	if (!fs) {
		cout << "Konnte " << filename_in << " nicht \x94 \bffnen!" << endl;
		return;
	}
	ofstream os(filename_out, ios::app);
	char buffer[1024];
	while (fs.getline(buffer,1024))	{
		os << buffer << "\n";
		memset(buffer,0,sizeof(buffer));
	}
	os.flush();
	fs.close();
	os.close();
}

int _tmain(int argc, _TCHAR* argv[]) {
	for (int i = 1; i <= 38; ++i) {
		stringstream ss;
		ss << i << ".txt";
		processFile(ss.str(), "words.txt");
	}
	cout << "Fertig" << endl;
	cin.get();
	return 0;
}