Zunächst werden die nächstgelegenen Unterverzeichnisse/Dateien ermittelt und in die Datei geschrieben, dann wird zurück an den Anfang der Datei gesprungen und die Hauptschleife beginnt, bei der es scheinbar hakt:

while(!feof(list))
    {
        memset(currentDir, 0, sizeof(currentDir));
        fgets(currentDir, sizeof(currentDir), list);  // Pfad aus Datei lesen

        if(currentDir[0] != '4')   // Wenn es sich nicht um ein Verzeichnis
            continue;              // handelt, nächster Durchlauf

        currentDir[0] = 0;         // Pfad in gültiges Format für opendir
        currentDir[strlen(currentDir)-1] = 0;           // bringen
        for(int i = 0; i < sizeof(currentDir); i++)
            currentDir[i] = currentDir[i+1];

        directory = opendir(currentDir);   // Pfad öffnen
        position = ftell(list);          //momentane Position in Datei merken
        fseek(list, 0, SEEK_END);       // Ans Datei Ende springen
        while((dirInfo = readdir(directory))!=0)   // Bis alle
        {                                         //Unterverzeichnisse
                                                   // gefunden wurden

            if(dirInfo->d_name[0] == '.')   // Falls es ".." oder "." ist  
                continue;                    // überspringen

            memset(subDir, 0 , sizeof(subDir));   // Pfad
            strcpy(subDir, currentDir);         // des gefundenen 
            strcat(subDir, "/");                 // Verzeichnisses
            strcat(subDir, dirInfo->d_name);    // in Datei schreiben.
            fprintf(list, "%s\n", subDir);
        }
        closedir(directory);
        fseek(list, position, SEEK_SET);
    }

So sieht die Datei aus, auf die list zeigt.

8./USB encrypter.o
4./rktjkejf
8./USB encrypter.cpp.cbTemp
8./sglkpw#stkf,#üqpkh w
8./type.cpp
8./USB encrypter
8./USB encrypter.cpp
4./test
4./asdasdasd
8./funcs.h
8./asyd
4./sd
8./type.o
8./type
8./list

Die Zahl vor dem Pfad ist jeweils der Dateityp (Verzeichnis = 4)

Aye, directory kann nicht geöffnet werden - was daran liegt, dass ich eine Kleinigkeit übersehen habe - danke.