ich habe eine Funktion, in der die Werte schon nach oben gehen können. Mit meiner Erfahrung in Java dachte ich an den Typen 'BigInt' statt int. Wie würdet ihr das in C++ machen und mit welchen Werten würdet ihr testen, ob das auch klappt? Danke vorab.

/**
     * Methode berechnet die Konserviertheit eines Strings. 
     * Dabei werden zuerst das Auftreten eines Symbols im String summiert. Dann 
     * wird das relative Auftreten ermittelt. Dann wird dieser Wert etwa 0.3 quadriert.
     * Durch das Quadrieren wirken sich konservierte Symbole besonders intensiv auf den 
     * Score aus. Für einen String werden alle Symbolscores summiert.
     * 
     * @param colStringToScore
     * @return 
     */
    double computeConservationScoreOfString( seqan::CharString colStringToScore ){

        double score = 0.0;
        int numberOfSymbols = seqan::length( colStringToScore );
        string curAlphabetSymbolString;
        string curCharString;
        int matches = 0;

        for ( int i = 0; i < global::g_aminoAlphabet.size(); i++ ){ // gehe das Alphabet ab

            curAlphabetSymbolString = global::g_aminoAlphabet.at( i );
            matches = 0;

            // Lauf den String für dieses Symbol ab
            for ( int j = 0; j < numberOfSymbols; j++ ){
                curCharString = "";

                char curChar = colStringToScore[j];
                curCharString = curChar;

                if ( curAlphabetSymbolString == curCharString )
                {
                    matches++;
                }
                else {}
            } // Ende für dieses Symbol, Matches sind ermittelt

            double squareMatches = matches * matches; // Quadrieren der matches
            double symbolRelativeScore = squareMatches / (numberOfSymbols * numberOfSymbols);
            score = score + symbolRelativeScore;
        } // Ende für alle Symbole

        return score;
    }

(Ansonsten gibt es auch schnellere Möglichkeiten zu zählen)

seqan::length() liefert mir einfach die Länge eines Strings, der ist einige Male bei meinen Testdaten schon 2000 Zeichen lang. Da das Programm auch andere dann nutzen, kann ich schwer einschätzen, ob da einer einen String mit wasweissichwieviel Zeichen reinschickt.

Aber das ist keine schöne Lösung. mathes sollte unsigned sein. Und wieso nutzt du nicht die STD?