der Dateienphad ist wie folgt: corel/0/0.ppm

Beim mir wird die erste Datei richtig eingelesen jedoch, fängt er mir an folgendes zu machen "corel/00/01.ppm", obwohl es eigentlich "corel/0/1.ppm" sein sollte.

Hier ist der Quelltext:

stringstream directory, datafile;
string filepath;
int numberDirectory=0;
numberFile=0;

for(numberDirectory; numberDirectory<10; numberDirectory++)
{
	for(numberFile; numberFile<100 && totalFileNumber<1000; numberFile++)
	{
						//readfile
	directory << numberDirectory;
	datafile << numberFile;
	filepath = "corel/" + directory.str()+ "/" + datafile.str() + ".ppm";

	cout << filepath << endl;
//..
        }
}

#include <iostream>
#include <sstream>

int main()
{
	using namespace std;
	ostringstream streamFilepath;
	for(int numberDirectory=0; numberDirectory<10; numberDirectory++)
	{
		for(int numberFile=0; numberFile<10; numberFile++)
		{
		    streamFilepath.str(string());//Oder den streamFilePath erst hier definieren
			streamFilepath<<"corel/"<<numberDirectory<<'/'<<numberFile;
			//readfile

			cout << streamFilepath.str() << endl;
		}
	}
}

for(numberDirectory = 0; numberDirectory<10; numberDirectory++)
{
    for(numberFile = 0; numberFile<100 && totalFileNumber<1000; numberFile++)
    {
       stringstream full_name;
       full_name << "corel/" << numberDirectory << '/' << numberFile << ".ppm";
       cout << full_name.str() << endl;
    }
}

Ich vermute auch mal, dass deine innere for-Schleife nicht das tat, was du wolltest und habe dies korrigiert.