ich benutze die Eigen Libary und möchte mithilfe von Maps Arrays in Eigenmatrixen umwandeln

double realMatrixValues[400*400];

 // hier wird die Matrix zu testzwecken befüllt
 MapType map (realMatrixValues,400,400);
map = map.transpose()*map;

Nun zu meinem Problem Ab der größenordnunf 400x400 kommt ein Stackoverflow, dabei bräuchte ich mindestens 4000*4000 Matrizen. Kann man das irgendwie reparieren oder gibt es eine bessere freie BLAS implementierung als Eigen? Vielen Dank schonmal für alle Antworten.

Das

double realMatrixValues[400*400];

kannst Du durch

std::vector<double> realMatrixValues (400*400);

ersetzen und später, wo die Adresse benötigt wird, &realMatrixValues[0] einsetzen. Ich weiß aber nicht, was du da genau machen willst. Möglicherweise geht das auch noch eleganter.

dabei bräuchte ich mindestens 4000*4000 Matrizen.

Das wären ca 122MB, der Stack ist fast nie größer als 1MB.
Nimm dazu wie gesagt std::vector.