std::ifstream file(filename.c_str(),std::ios::binary);
    std::copy(std::istream_iterator<quint8>(file), std::istream_iterator<quint8>(),std::back_inserter(data));
    file.close();

anderes als

std::ifstream file(filename.c_str(),std::ios::binary);
    while(!file.eof())
        data.push_back(file.get());
    file.close();

?
data ist ein std::vector<quint8>.

Scheinbar wird die Datei verschieden ausgelesen, denn bei dem Dateiformat welches ich auslas(in die variable "data") ergaben sich an vereinzelten Stellen unterschiede bei der Auswertung, jenachdem ob ich std::copy oder file.get() verwendet habe.
Weiß das jemand adhoc? Könnte auch konkreten Code posten, aber vielleicht reicht das ja schon.

Liegt daran, dass std::copy scheinbar die einstellung whitespaces zu ignorieren des filestreams übernimmt.
Mittels

file >> std::noskipws;

ging es dann.
Scheint wohl daran zu liegen das std::copy formatierungen des streams übernimmt und ::get() diese ignoriert(ist ja unformatted data).

template<class InputIterator, class OutputIterator>
  OutputIterator copy ( InputIterator first, InputIterator last, OutputIterator result )
{
  while (first!=last) *result++ = *first++;
  return result;
}

while(!file.eof())
   data.push_back(file.get());

ist auch semantisch falsch - schau dir mal das letzte Zeichen von 'data' an (d.h. Vergleiche die Länge der Originaldatei mit 'data.size()' ;-).
eof() arbeitet nicht vorausschauend, sondern dieses Flag wird erst immer nach einer Leseoperation entsprechend gesetzt.