#include<iostream>
#include<string>

//#include "functions.h"

using namespace std;

int main()
{
    string Eingabe;
    string Befehl;
    string Operant[2];
    string Opcode;
    int Zaehler;

    while(1)
    {
    	Zaehler=0;
        cout << "Bitte einen Befehl eingeben: ";

        getline(cin, Eingabe);
        //Eingabe=trim(Eingabe);

        while(!(Eingabe[Zaehler]==' ' || Eingabe[Zaehler]=='\0'))
        {
            Befehl[Zaehler]=Eingabe[Zaehler];
            Zaehler++;
        }

        cout << "Der bisher eingegebene Befehl ist: " << Befehl.c_str() << endl;

        if(Befehl=="hlt") Opcode="F4";
        if(Befehl=="cli") Opcode="FA";
        if(Befehl=="sti") Opcode="FB";
        if (Befehl=="clc") Opcode="F8";
        if (Befehl=="") Opcode="";

        if(Eingabe[Zaehler]==' ')
        {
        	Zaehler++;

        	while(!(Eingabe[Zaehler]==',' || Eingabe[Zaehler]=='\0'))
        	{
        		Operant[0][Zaehler]=Eingabe[Zaehler];
        		Zaehler++;
        	}
        }

		cout << "Der Opcode ist: 0x" << Opcode.c_str() << endl;
        cout << "noch einmal?: ";
        getline(cin, Eingabe);

        if(Eingabe=="nein") break;
    }
}

Ich starte das Programm und gebe bei der ersten Eingabeaufforderung "cli" ein.
Bei der ersten Ausgabe wird dann

Der bisher eingegebene Befehl ist: cli

ausgegeben aber als zweite Ausgabe wird

Der Opcode ist: 0xcli

ausgegeben.
Erwartet hatte ich

Der Opcode ist: 0xFA

Was läuft da falsch?

Danke schon mal.

Befehl.append(Eingabe[Zaehler]);

machen sollen.

Werde das gleich mal probieren.

Habe es

Eingabe.trim()

auskommentiert, weil es zum Compilerfehler führte.

Ich habe gleich mal noch ne andere Frage: Warum gibt es die trim()-Methode für Strings nicht obwohl es eine wichtige Funktion ist?

Weil std::string broken ist.
Die eine Hälfte der Funktionen will Iteratoren, die andere Indices. Viel zu viele Funktionen in einer Klasse, etc.
Für trim gibts hier was: http://stackoverflow.com/questions/216823/whats-the-best-way-to-trim-stdstring

Ich habe gleich mal noch ne andere Frage: Warum gibt es die trim()-Methode für Strings nicht obwohl es eine wichtige Funktion ist?

1. Weil das keine wichtige Funktion ist.
2. Weil die von dir vorgeschlagene Schnittstelle (vermutlich void std::string::trim() ) keine effiziente Implementation ermöglicht. Wenn das erste Zeichen weggeschnitten wird, muss entweder der gesamte String nach vorne kopiert werden oder es muss pro std::string ein Offset gespeichert werden.
3. Weil man sich einigen müsste welche Zeichen denn genau abgeschnitten werden.

Warum gibt es die trim()-Methode für Strings nicht obwohl es eine wichtige Funktion ist?

Wenn die Frage ist, warum es sie nicht gibt, ist die Antwort: Weil sie damals, als die Standardbibliothek geschrieben wurde, niemand eingebaut hat.

Wenn die Frage ist, warum sie aus moderner Sicht nicht da drin sein sollte: Weil sie mit dem bestehenden Interface leicht zu implementieren ist und daher keinen Zugriff auf die privaten Member des Strings braucht (ohnehin hat std::string viel zu viele Methoden). Eine Implementation als freie Funktionsvorlage gibt es in Boost.StringAlgo. Ob daraus mal std::trim werden wird, kann ich dir nicht sagen.