Ich bräuchte kurz Hilfe zu meinem Code.
Vorab: Es handelt sich um Code, der mit BALL und C++ programmiert wurde.
An einer Stelle im Code erhalte ich einen Speicherzugriffsfehler. Ich nehme mal an, dass meine Variable nicht genug Speicherplatz bietet.
Habe auch schon im Internet gesucht, aber nichts gefunden, das mir helfen konnte.
Ich gebe erstmal nur die beiden Methoden an, um die es geht, da ich denke, der Fehler müsste dort zu finden sein.

//Zählen der Kontakte zwischen den Aminosäuren
int countContacts(Atom* atom, Protein* protein)
{
        int contacts = 0;
	for (ChainIterator ch_it = protein->beginChain(); +ch_it; ++ch_it)
	{
		for (ResidueIterator r_it = ch_it->beginResidue(); +r_it; ++r_it)
		{
			if (r_it->isAminoAcid()) 
			{
				// Berechnung des Abstandes zwischen den C-alpha Atomen von zwei Aminosäuren
				// und zählen der Kontakte, wenn der Abstand <= 7 ist
				Atom* atom1 = r_it->getAtom("CA");
                int dist = atom->getPosition().getDistance(atom1->getPosition());

                if (dist <= 7) 
                {
					contacts += 1;
                }
             }
		}
	}
	return contacts;
}

// Zählen der Kontakte und Bestimmung der Häufigkeitsmatrix
void getHaeufigkeitsMatrix(Protein* protein)
{
	for (ChainIterator ch_it = protein->beginChain(); +ch_it; ++ch_it)
	{
		for (ResidueIterator r_it = ch_it->beginResidue(); +r_it; ++r_it)
		{
			if (r_it->isAminoAcid()) 
			{
                // HIER bei int k ERHALTE ICH DEN SPEICHERZUGRIFFSFEHLER
                int k = countContacts(r_it->getAtom("CA"), protein) - 1; // -1, weil auch Kontakt mit sich selbst berechnet wird
                String a = Peptides::OneLetterCode(r_it->getName());
                // hier soll dann die Matrix gefuellt werden
			}
		}

	}
}

Ich habe dazugeschrieben, an welcher Stelle ich den Fehler erhalte.
Wenn ihr noch Infos benötigt, sagt bescheid.
Da man zur Ausführung des Programms einen Ordner mit über 100 Dateien benötigt, über die iteriert wird, ist es auch schwierig, dass ihr den Code testen könnt.
Aber vielleicht sieht jemand auf Anhieb das Problem.

Schon mal Danke.

Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault.
0x00007ffff36da614 in BALL::TVector3<float>::getDistance(BALL::TVector3<float> const&) const () from /usr/lib/libBALL.so.1.4

Welche Abbruchbedingung meinst du? Das meiste sind Funktionen aus BALL (http://ball-trac.bioinf.uni-sb.de/wiki/CodeLibrary).

Welche Abbruchbedingung meinst du?

Alle deine Abbruchbedingungen. Was die Abbruchbedingung einer for-Schleife ist, weißt du? Alle deine For-Schleifen sehen aber so oder ähnlich aus:

for (ChainIterator ch_it = protein->beginChain(); +ch_it; ++ch_it)

+ch_it? Das sieht mir doch sehr nach einem Schreibfehler aus. Vielleicht ist *ch_it gemeint?

Note that +ch_it equals ch_it != protein->endChain()

Ich hab noch gesagt bekommen, dass es sein kann, dass es das CA-Atom (welches ich abfrage), nicht existiert.
Ich habe dann in der countContacts abgefragt, ob atom oder atom1 nicht NULL sind:

//Zählen der Kontakte zwischen den Aminosäuren
int countContacts(Atom* atom, Protein* protein)
{
        int contacts = 0;
    for (ChainIterator ch_it = protein->beginChain(); +ch_it; ++ch_it)
    {
        for (ResidueIterator r_it = ch_it->beginResidue(); +r_it; ++r_it)
        {
            if (r_it->isAminoAcid())
            {
                // Berechnung des Abstandes zwischen den C-alpha Atomen von zwei Aminosäuren
                // und zählen der Kontakte, wenn der Abstand <= 7 ist
                Atom* atom1 = r_it->getAtom("CA");
                if (atom || atom1 != NULL)
		      {
                  int dist = atom->getPosition().getDistance(atom1->getPosition());
					if (dist <= 7) 
					{
						contacts += 1;
					}
				}
             }
        }
    }
    return contacts;
}

Aber das hat keine Änderung gebracht.

Um sicherzugehen dass die Doku nicht einfach falsch ist. Weil das unäre "+" zu überladen ja echt seltsam ist. Und wenn die Doku doch korrekt ist muss es ja egal sein.
Und allein schon wegen dem "principle of least surprise" würde ich da lieber ch_it != protein->endChain() stehen haben als +ch_it .

@AlienFan
Das ist eine gute Möglichkeit für dich dich mit einem interaktiven Debugger auseinanderzusetzen. Mit einer IDE wie Netbeans, Codeblocks oder Eclipse CDT kann man damit echt schön arbeiten.
Die ersten Schritte mit solchen Tools sind immer ein wenig mühsam und zeitraubend, aber je früher du dich damit vertraut machst, desto mehr Zeit sparst du dir später beim Fehlersuchen.
Man kann solche Bugs natürlich auch ohne Debugger finden, aber mit geht es meist um Grössenordnungen schneller.