#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <time.h>

double fak (double n)
{
    //Unterfunktion Fakultät
    if(n == 0)
        return 1;
    return n*fak(n-1);
}

int main(void) {

int Untergrenze = 1;
int Obergrenze = 49;
int ziehung = 6;

int sortierung1;
int sortierung2;
double binom =1;

int i;
int j;
int k;
int m = 0;

int eingabe[6];
int Lottozahlen[6];
int treffer[6];

printf("Geben Sie bitte 6 Zahlen von 1-49 ein um an der Lotterieziehung teilzunehmen.");

for(i=0; i<ziehung; i++)
{
    printf("\n\nZahleneingabe: ");
    scanf("%d",&eingabe[i]);

    while (eingabe[i] < 1)
    {
        printf("\n\nIhre Eingabe ist kleiner als zulaessig.");
        printf("\nWiederholen Sie die Zahleneingabe. ");
        printf("\n\nZahleneingabe: ");
        scanf("%d",&eingabe[i]);
    }
    while (eingabe[i] > 49)
    {
        printf("\n\nIhre Eingabe ist groesser als zulaessig.");
        printf("\nWiederholen Sie die Zahleneingabe. ");
        printf("\n\nZahleneingabe: ");
        scanf("%d",&eingabe[i]);
    }
} //Ende FOR-Schleife für Eingabe

for(i=0; i<ziehung; i++)
{
    //Zahlen aufsteigend sortieren
    for(k=0; k<=4; k++)
    {
        if(eingabe[k+1]<=eingabe[k])
        {
            sortierung1=eingabe[k+1];
            eingabe[k+1]=eingabe[k];
            eingabe[k]= sortierung1;
        }
    }
}

printf("\n\nIhre ausgewaehlten Lottozahlen lauten: \n\n");
printf("1.Auswahl: %d\n",eingabe[0]);
printf("2.Auswahl: %d\n",eingabe[1]);
printf("3.Auswahl: %d\n",eingabe[2]);
printf("4.Auswahl: %d\n",eingabe[3]);
printf("5.Auswahl: %d\n",eingabe[4]);
printf("6.Auswahl: %d\n",eingabe[5]);

while (m < 3)
{
    printf("\n\nDie momentanen Lottozahlen lauten: \n\n");

    for (i=0; i<ziehung; i++)
    {
        srand(time(NULL)+i); /** srand nur einmal am Programmstart aufrufen! **/
        Lottozahlen[i] = /** Hier muss 1+ hin, sonst kann auch 0 vorkommen **/  1 + (rand() % Obergrenze + Untergrenze);

    } //Ende der FOR-Schleife für Lottozahlen

    for(i=0; i<ziehung; i++)
    {   
        //FOR-Schleife für Sortierung der Lottozahlen aufsteigend
        for(k=0; k<=4; k++)
        {
            if(Lottozahlen[k+1]<=Lottozahlen[k])
            {
                sortierung2=Lottozahlen[k+1];
                Lottozahlen[k+1]=Lottozahlen[k];
                Lottozahlen[k]= sortierung2;
            }
        }
    } // Ende FOR-Schleife für Sortierung der Lottozahlen

    for(i=0; i<ziehung; i++)
        //Zufallszahlen ausgeben
        printf("%d.Lottozahl: %d\n",i+1,Lottozahlen[i]);

    for (i=0; i<ziehung; i++)
        if(Lottozahlen[i]==eingabe[0])
        {
            treffer[m]=eingabe[0];
            m++;
        }

    for (i=0; i<ziehung; i++)
        if(Lottozahlen[i]==eingabe[1])
        {
            treffer[m]=eingabe[1];
            m++;
        }

    for (i=0; i<ziehung; i++)
        if(Lottozahlen[i]==eingabe[2])
        {
            treffer[m]=eingabe[2];
            m++;
        }

    for (i=0; i<ziehung; i++)
        if(Lottozahlen[i]==eingabe[3])
        {
            treffer[m]=eingabe[3];
            m++;
        }

    for (i=0; i<ziehung; i++)
        if(Lottozahlen[i]==eingabe[4])
        {
            treffer[m]=eingabe[4];
            m++;
        }

    for (i=0; i<ziehung; i++)
        if(Lottozahlen[i]==eingabe[5])
        {
            treffer[m]=eingabe[5];
            m++;
        }

    if (m > 2)
    {   
        printf("\nGlueckwunsch, Sie haben %d Zahlen getroffen.\n",m);
        printf("Die folgenden Zahlen sind richtig: ");

        for(i=0;i<m;i++)
            //Ausgabe aller richtig getroffenen Zahlen
            printf("%d ",treffer[i]);
    }

} //Ende While schleife

binom = fak(49) / (fak(6) * fak(43)); //Binomialkoeffizienten berechnen
printf("\n\nDie Anzahl der moeglichen Ziehungen: %.0lf", binom);

return 0;
}

Dein Problem ist, dass du:

printf("\n\nDie momentanen Lottozahlen lauten: \n\n");

    for (i=0; i<ziehung; i++)
    {
        srand(time(NULL)+i); /** srand nur einmal am Programmstart aufrufen! **/
        Lottozahlen[i] = /** Hier muss 1+ hin, sonst kann auch 0 vorkommen **/  1 + (rand() % Obergrenze + Untergrenze);

    } //Ende der FOR-Schleife für Lottozahlen

    for(i=0; i<ziehung; i++)
    {   
        //FOR-Schleife für Sortierung der Lottozahlen aufsteigend
        for(k=0; k<=4; k++)
        {
            if(Lottozahlen[k+1]<=Lottozahlen[k])
            {
                sortierung2=Lottozahlen[k+1];
                Lottozahlen[k+1]=Lottozahlen[k];
                Lottozahlen[k]= sortierung2;
            }
        }
    } // Ende FOR-Schleife für Sortierung der Lottozahlen

    for(i=0; i<ziehung; i++)
        //Zufallszahlen ausgeben
        printf("%d.Lottozahl: %d\n",i+1,Lottozahlen[i]);

In der while Schleife ausführst und die Lottozahlen so oft ausgegeben werden bis m = 3 ist,
und weil du m++ immer in der if-Anweisung stehen hast, wird es nur erhöht wenn eine Lottozahl übereinstimmt.
Die ganzen for-Schleifen am Ende kannst du auserdem durch eine verschachtelte ersetzen und j ist "unused"

gehört ins C-Forum

Oder eher in den Müll, da der Threadersteller seinen Eingangsbeitrag verunstaltet hat und somit diesen Thread für die Gemeinschaft unbrauchbar gemacht hat. Erstmal schön Hilfe suchen und dann allen gegen's Knie treten