Ich glaube zwar nicht dass der Fehler am Timer liegt aber könnte mal bitte einer von euch sich meinen Code angucken.

#include "stdafx.h"
#include "dynaplot.h"
#include "dynaplotDlg.h"

#include "Chartdisp.h"		
#include "Backgrounddisp.h"		
#include "Borderdisp.h"		
#include "DynaPlotDefines.h" 
#include "datacurvedisp.h"
#include "datacurvecollectiondisp.h"
#include "curvedisp.h"
#include <ctime>

#ifdef _DEBUG
#define new DEBUG_NEW
#undef THIS_FILE
static char THIS_FILE[] = __FILE__;
#endif

double X[1001];
double Y[1001];
int N=0;
int a=0;
int i=0,B=0;
double dummy;

SetTimer(1,2,NULL);                  //in void CDynaplotDlg::OnButton1()

void CDynaplotDlg::OnTimer(UINT nIDEvent) 
{
	// TODO: Code für die Behandlungsroutine für Nachrichten hier einfügen und/oder Standard aufrufen
	if(nIDEvent == 1)
		{
		for(a=0;a<=B;a++)
		{
			X[a]=rand();
			X[a]=(X[a]*14)-7;
			Y[a]=rand()*20-10;
		}
	for (a=0; a<=B; a++)
	{ 
		for (i=0; i<=B;i++)
		{ 
			if (X[i]>X[i+1])
			{ 
				dummy=X[i];
				X[i]=X[i+1];
				X[i+1]=dummy;
				dummy=Y[i];
				Y[i]=Y[i+1];
				Y[i+1]=dummy;
      } 
			else
			{
			}
    } 
  } 
	CDataCurveDisp pK;
	COleVariant Variant1(0L);
	pK = m_DynaPlot1.GetDataCurves().Item (Variant1);
	pK.GetCurve().UpdateData(100,X,Y);
	B++;
	}
	CDialog::OnTimer(nIDEvent);
}

SetTimer(1,2,NULL);

Ein Timer, der alle 2 Millisekunden auslöst?

Das wird schwierig, Windows hat auch noch andere Sachen zu tun.