in dem Moment, in dem ich mit dem Windows Explorer in einen Ordner wechsle
(z.B. C:\Doom3), möchte ich, dass der Windows Explorer nicht wie gewohnt
die enthaltenen Dateien und Ordner in Miniaturansicht, Kachelansicht,
Symbolansicht, Listenansicht oder Detailansicht mir anzeigt,
sondern möchte eine eigene Ansicht programmieren.

Ich möchte also verhindern, dass der Windows Explorer die enthaltenen
Dateien und Ordner anzeigt, und möchte jedoch wissen welche Dateien und Ordner
in diesem Ordner (z.B. Doom3) enthalten sind, um sie dann selbst auf meine
eigene Darstellungsart anzuzeigen.

Gibt es da API Funktionen, die sich auf den Windows Explorer auswirken,
muss ich ein Windows Explorer Addon schreiben, oder wie krieg ich das hin ?

Oder ist das unmöglich und/oder nicht erlaubt?

ich weiß nicht, ob es die einfachste Möglichkeit ist, aber solange niemanden eine bessere einfällt, kannst du dich ja mal in der MSDN im Kapitel Shell-Extensions belesen.
http://msdn.microsoft.com/library/en-us/shellcc/platform/shell/programmersguide/shell_intro.asp

Dort steht, was du suchst, ist aber ein recht großes Kapitel.
So werden ja auch Ordner-Ansichten für Objekte realisert, die gar kein Verzeichnis im herkömmlichen Sinn sind. (z.B. Zip-Dateien)

Wenn dir die Sache dafür zu aufwendig ist, ist es warscheinlich einfacher, du schreibst dir gleich eine eigene Anwendung als Betrachter.