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Na dann hoffen wir mal, dass in den Textdateien nicht auch die 1000er-Trennzeichen drin sind...
Intern würde ich die Daten in einem proprietären Format speichern, jedoch eine Exportfunktion für Textdateien erstellen. Somit können Dateien, unabhängig vom Dezimaltrennzeichen, ausgetauscht werden. Und für einen Import in ein anderes Programm kann dann auf dem Zielsytem eine passende Textdatei erzeugt werden.
Von Excel würde ich generell die Finger lassen, dann lieber eine Datenbank. (Obwohl das mit Kanonen auf Spatzen schießen ist.)