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Sicherlich ist Eclipse weiter verbreitet als IDEA, weils kostenlos ist. Aber IDEA fristet bei weitem kein Nischendarsein. In den Kernfunktionalitäten nehmen sich die beiden IDEs nicht wirklich viel. Mit beiden IDEs lässt sich super arbeiten. Es sind dann eher die Details. IDEA hat z.B. mehr Refactorings, die teilweise auch besser funktionieren als bei Eclipse. Ein anderes schönes Feature ist Auto-Save (wer mit Eclipse arbeitet, einfach mal zählen, wie häufig man am Tag CTRL + S drückt ).
Markant werden die Unterschiede aber erst, wenn man sich spezifische Plugins anschaut. Es gibt zwar zahlreiche Plugins für Eclipse, diese sind aber teilweise von miserabler Qualität. Hier ist IDEA weit voraus. Die Plugins sind ausgereift und gut durchdacht. Vor allem hinsichtlich JEE-Entwicklung fährt man hier also deutlich besser. Die Webtools von Eclipse sind z.B. teilweise grausam (vor allem der XML-Editor). Bei IDEA hingegen funktioniert alles wie aus einem Guss. Da gibt es on the fly Support für Maven, Groovy, GWT, ... bei Eclipse muss man selbst das SVN Plugin nachinstallieren.
Und es sind halt häufig die Details. Die XML-Editoren bei IDEA sind z.B. je nach Kontext gespickt mit hübschen Content Assists (z.B. hat man bei <img src="..." ein Kontextmenü zur Auswahl eines Images). Beim XML-Editor von Eclipse hingegen kann man froh sein, wenn bei Code Änderungen der Validator nicht grade mal wieder den Dienst verweigert und Fehler von anno dazumal anzeigt.
Aber grundsätzlich ist es ein Luxusproblem mit den IDEs in Java, denn wir haben 3 sehr gute IDEs. Ich kann nur immer wieder schmunzeln, wenn ich sehe, dass in anderen Sprachen noch mit Editor programmiert wird.