Für jeden AfxBeginThread Aufruf wird ein neuer Thread erstellt. Die alten Threads bleiben, sofern sie sich nicht schon selbst beendet haben, bestehen.
Allerdings ist dann jeder Thread gestoppt, wegen dem CREATE_SUSPENDED und du musst ResumeThread, des zurückgegeben CWinThread Objekts, aufrufen, um den Thread wieder zu starten, bzw. überhaupt zu starten.
Grüssli