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Ja, du scheinst wirklich eine falsche Vorstellung zu haben.
Also, ersteinmal gibt es mehrere mögl. Varianten, wie ein Programm unter Windows läuft. Welches du erstellst, hängt von den Linker einstellungen ab.
Den Typ gibst du meist an, wenn du das Projekt erstellst.
Zum einen gibt es die Win32-Konsolenprogramme. Hier beginnt, wie im Standard vorgesehen die Ausführung in der Fnkt main(). Wenn du solch ein Programm startest, öffnet Windows automatisch ein Konsolenfenster, das die Standard Ein und Ausgabe darstellt (z.B. für cout,printf etc).
Also ideal zum Portieren von alten ANSI/ISO Programmen.
Du hast aber nur die Möglichkeit, Text auszugeben. Es sind KEINE Dos-Programm, mit denen du z.B. Grafikdarstellungen erreichen kannst.
Zweitens gibt es die "richtigen" Windowsprogramme. Hier beginnt es nicht mehr bei "main" sondern bei "WinMain". Die Textausgabe funktioniert nicht mehr wie gewohnt, denn ein Programm kann ja auch mehrere Fenster haben. Du bist dort auch selbst für die Erstellung und Verwaltung deiner Fenster verantwortlich.
Der Programfluß läuft auch nicht mehr so linear, sondern ist "Nachrichtengesteuert". D.H.: Das Programm fragt in einer Schleife ab, was so für Tastaturanschläge und Mausklicks passieren und handelt immer dementsprechend. Am Besten du suchst dir geeignete Tutorials über die Win32 Programmierung. Es ist einfach zu unterschiedlich zu den Dosprogrammen.