Probleme beim Projekthandling/Ordnerstruktur

Hallo Forum,

Arbeite an einem recht umfangreichen Projekt(WinXP/VS 6), nennen wir es Ofensteuerung.
bisher sah der Aufbau folgendermaßen aus:

1 Ordner mit verschiedenen Klassen,
1 Ordner mit den Steuerungs-Quellcodes und den kompilierten Dateien.

Nun sind von mir Einige neue Hardwareklassen für die Ansteuerung eines Mikrowellenofens geschrieben worden. Diese sollen nun natürlich in das bestehende Projekt integriert werden, so dass Gui und Applikationskern bestehen bleiben und Updates in diesen Bereichen für beide "Anlagentypen" wirksam werden.

Meine Frage nun Grundsätzlich: Wie würdet ihr das strukturieren?
viele ifdef´s scheint mir unwartbar zu werden.
Meine Überlegung war, die zwei unterschiedlichen Hardwarepackete sowie die Gui/Appkern jeweils in eigenen Ordnern zu kappseln. Hab hier jedoch massive Probleme beim Compilen/Linken.
Gibt es da in VS6 komfortablere Möglichkeiten?

Danke
wurfholz