Linux & automake: Fragen zur Benutzung

[testo]

Hallo,

ich programmiere unter Unix/Linux im Moment und habe bisher nur über ein eigens geschriebens sehr unsauberes Makefile alles selbst kompilieren lassen.
Für übersichtlichkeit und anwendungsfreundlichere Benutzung wollte ich nun autotools zum einsatz kommen lassen.
Ich kann folgendes tutorial zu diesem Thema problemlos nachbauen:
http://www.mrunix.de/forums/showthread.php?t=33699&highlight=makefile

Ich habe allerdings noch weitere Fragen:

1. Ich würde gerne in meinem C++ Projekt einige C-Dateien verwenden.
   Mit dem Tutorial geht das so nicht ohne weiteres. Benenne ich die C-Dateien einfach nur in C++ Dateien um, läufts durch. Gibt es eine Sauberere Alternative wie ich es mit automake etc. schaffe?

2. Heißt das, dass ich wenn ich änderungen in irgendeinem meiner C++ files mache, dass ich immer erst /bootstrap, dann configure und dann make aufrufen muss?

3. Wie schaffe ich es, dass das Target, also das fertige Kompilat in einem eigenen /bin - Ordner zu liegen kommt?

4. wie kann ich die Ordnerstruktur sauber halten, es entstehen viele files z.B ein haufen an config.h.in und depcomp und install-sh etc....kann ich die evtl. alle removen nach einem kompilierungsbefehl. Wenn ja - was muss ich dazu tun?

5. wie kann ich denn den compiler ändern? Also ich habe eine MPI-Anwendung deren compiler mpicxx ist. Wie kann ich das jetzt über automake zugänglich machen oder was muss ich tun damit die files mit mpicxx kompiliert werden?

Ich wäre dankbar wenn mir jemand dabei helfen könnte.