programm gibt komische zeichen als ausgabe

[cppler]

// Main.cpp : Definiert den Einstiegspunkt für die Konsolenanwendung.
//

#include <iostream>
using namespace std;

int main(int argc, char* argv[])
{
	char A[6];
    char B[5];
    char C[5];

	int counter=0; // doppelt in A & B ( wenn counter > 0)
	int t=0;       
	int i, j;      // Laufvariablen 

	for (i=0;i<6;i++)
        cin >> A[i];

	for (i=0;i<5;i++)
        cin >> B[i];

    for (i=0;i<5;i++)
    { 
		for (j=0;j<6;j++)
		{
			if (B[i]==A[j])	counter++;
		}

		if (counter==0) {
			C[t]=B[i];
			t++;
		}
		counter=0;
    }

    for (i=0;i<6;i++)
        cout << A[i];
    for (i=0;i<t;i++)
        cout << C[i];

	cout << endl;

}

Du könntest noch in Zeile 27, nach counter ein break einfügen - da dich die Anzahl der Doppelten in B[] nicht wirklich interessiert.

Ansonsten sollte deine Version funktionieren, wenn du die Sichbarkeit der Variablen beachtest.

Gruss