Dateiformat gesucht (Bio-Informatik, Trajektorie)
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Hallo, ich suche ein Dateiformate um Trajektorien von Proteinen zu speichern.
Ich berechne Konformationsänderungen eines Proteines und ändere in jedem Schritt die Koordinaten der Atome.
Nun möchte ich die Änderungen der Positionen in einem Dateiformat speichern, so dass VMD mir ein Video abspielen kann.
Wichtig wäre, dass es für das Format schon eine gute C/C++ Bibliothek gibt, so dass ich das Format nicht selbst implementieren muss.
Im Moment tendiere ich zum .dcd-Format finde aber keine gute Lib
Da hier auch ein paar Power-PCs (Apple-Zeugs) herumsteht, macht das DCD-Format aber paar kleine Probleme (Endianess), wäre ein anderes Format vielleicht nicht schlecht.
Aber das wichtigste ist dennoch:
VMD muss damit umgehen können
Es muss eine lib geben, die mir die Ausgabe abnimmt. (Oder so einfach sein, dass das nicht nötig ist, zB CSV-ähnliche AUsgabe)
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Ich empfehle das vtf-Format, das ist ungeheuer einfach aufgebaut und sollte deiner Beschreibung nach für deine Zwecke reichen:
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/molfile/vtfplugin.html
https://github.com/olenz/vtfplugin/wiki/VTF-formatWichtig wäre, dass es für das Format schon eine gute C/C++ Bibliothek gibt, so dass ich das Format nicht selbst implementieren muss.
Nein, wie sollte das gehen? In welchem Format sollte die Bibliothek denn die Daten entgegennehmen? Du musst schon irgendwie dein eigenes Format in ein übliches Format übersetzen.
Da hier auch ein paar Power-PCs (Apple-Zeugs) herumsteht, macht das DCD-Format aber paar kleine Probleme (Endianess), wäre ein anderes Format vielleicht nicht schlecht.
vtf ist menschenlesbar, sollte also keine Probleme machen und es ist auch sehr einfach, sich ein paar schöne Shellscripte zu basteln, die mit dem Format umgehen können. Keine Notwendigkeit für Bitgefummel in riesigen Programmen, ein paar Zeilen awk, sed oder Python reichen meistens schon, um mit dem Format umzugehen.
Es muss eine lib geben, die mir die Ausgabe abnimmt. (Oder so einfach sein, dass das nicht nötig ist, zB CSV-ähnliche AUsgabe)
Tja, das Leben ist kein Ponyhof. Manchmal muss man eben arbeiten.
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Danke, das sieht super aus
Darf ich fragen, wie du das genau gefunden hast?
Ich bin nur auf .dcd .xtc oder hintereinandergeschaltene .pdb-Dateien gestoßen.
Mein nächster Schritt wäre gewesen, alle Formate einzeln durchzugehen, die mein VMD öffnen kann...
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Ravenheart-unreg schrieb:
Darf ich fragen, wie du das genau gefunden hast?
Lange verzweifelte Suche, genau so wie du. Ich meine, ich bin wirklich alle Formate die VMD kennt einzeln durchgegangen, bis ich ein passendes Format gefunden hatte (ich hatte ungefähr die gleichen Ansprüche wie du). Anscheinend hatte ich dabei ein glücklicheres Händchen. Damals sah die VMD-Hilfe auch noch etwas anders aus (ist ein paar Jährchen her).
