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kommt drauf an, wie das JTAG in deinen controller integriert ist. es gibt welche, da reichts schon, wenn strom da ist und man kann sie schon über jtag flashen und sogar code auf der CPU laufen lassen, der takt kommt dann von der TCK leitung des JTAGs. was mir allerdings zu denken gibt ist, dass von anfang an nicht richtig lief (dass er manchmal nicht startete, wie du sagtest). so'ne ferndiagnose macht allgemein nicht viel sinn, aber vielleichet fragst du mal da: http://www.mikrocontroller.net/forum/mikrocontroller-elektronik da gibt's bestimmt welche, die sich mit deinem atmel auskennen.