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Also erstmal:
bits[i][j][0]= GetRValue(bitmap->Canvas->Pixels[i][j]);
reicht aus, das Casting ist unnoetig.
Zweitens wuerde ich das nicht ueber Pixels machen, weil es extrem langsam ist, sondern mithilfe von Scanline.
Und die Transparenz eines Pixels bestimmst du mit dem viertem Byte, also bei dir
bits[i][j][3]= 255;
255 waere volle Sichtbarkeit, 0 waere unsichtbar. Musst du halt gucken wie du das machst, kannst ja bei einer bestimmten Farbe (z.B. RGB(255,0,255)) das ganze auf 0 setzen, oder so wie du es haben willst. Muesstest dann aber auch noch Blending oder Alphatest aktivieren.
Achja, und beim Rendern... was sind denn bei dir x und y fuer Werte? Und welche Perspektive nutzt du? Bei Parallelperspektive waeren solltest du nicht mit haben Pixels arbeiten, wenn du GL_NEAREST eingestellt hast.