Prozess sperren / unsichtbar

Du könntest auch einfach einen Workaround machen, hab ich mal bei einem Virus gesehen

Du programmierst einfach 1-2 "Partnerprogramme", die abprüfen ob deine Shutdown.exe geladen ist, falls nicht starten diese sie einfach wieder.
Das selbe macht deine Hauptanwendung mit den "Partnern", sozusagen ein Kreislauf...

mfg

Lausche einfach auf die WM_QUIT Message und führe in dieser die Shutdown-Prozedur aus.
Windows wird deinem Programm eine Chance geben sich normal zu beenden.