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Ein Array ist ein zusammenhängender Speicherbereich, da kannst Du nicht einfach in der Mitte irgendwas rauslöschen. Du kannst bei der Konstruktion {1, 4, 7, 12} die 12 mit der 7 tauschen (im allgemeinen Fall müssen entweder mehr Elemente nach vorne gerutscht werden, oder man tauscht einfach das zu löschende mit dem letzten Element, wenn einem die Reihenfolge egal ist) und dann einfach entries1 dekrementieren.
Um die gelöschte Zahl im zweiten Array einzufügen, mußt Du dann dieses Array vergrößern (realloc mit dem erhöhten entries2) und dann das neue Element als letztes Element hineinkopieren.
Wenn Du das oft machen mußt, ist die Datenstruktur "zusammenhängender Speicherbereich" ziemlich deplaziert und man sollte stattdessen eine Liste oder das zweite Feld 'ausreichend groß' dimensionieren, je nach dem, wie dein Problem genau aussieht. Was möchtest Du also machen?
[Ich vermute, es sollte oben Array1=calloc(entries1, sizeof(int)) heißen, nicht sizeof(int*).]
edit: Huch, langsam. Ich laß das trotzdem mal so stehen.