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Ja das was du ansprichst ist die MVC Struktur ( Model- View- Controler ). Wie du das letzendlich durchsetzt, ist deine Sache.
Ich persönlich bevorzuge genau aus diesem Grund jsp anstatt php. Der Vorteil hierbei ist, das du etwa aus einem Formular oder einem Link direkt ein Servlet ( also eine ganz normale Klasse ) starten kannst, die durch die Anbindung an einen Datencontainer ( z.B. eine Datenbankklasse oder eine Bean ) sich die Daten holt und per RequestDispatcher an eine Seite weitergibt, die nur dazu da ist, um die empfangenen Daten darzustellen.
Diese Architektur ist, so denke ich, an Sauberkeit nicht zu übertreffen. Die Idee dahinter ist, ist dass wenn du etwas an Daten oder Ansicht ändern willst, nicht den anderen Part kaputt machen kannst oder dich erst damit beschäftigen musst.
Nur der Vollständigkeit halber