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hast du einen eigenen Root-Server, oder selbst nur ein Webhosting-Paket? Wenn du einen Server hast wärs das einfachste direkt eine Software dafür zu benutzen mit der du Kunden verwalten kannst.
Ansonsten kann man bei manchen Webhosting-Paketen bei denen man Teile seines Paketes "unter vermieten" kann, das Traffic-Limit auch irgendwo einstellen, genau wie verfügbarer Speicherplatz etc.
Die Logs auszuwerten wär auch eine Möglichkeit um den Transfer heraus zu bekommen, wobei ich nicht genau weiss wie du dann verhindern sollst das die Kunden/Benutzer bei erreichen des Limits nicht mehr bekommen. Dazu müssten die ja immer erst deine "Schutzseite" starten und nicht direkt auf ihre Files gehen. Und wenn du ein php-programm seitenunabhängig startest, dann kannste auch gleich ne software für die Verwaltung installieren.
oder hab ich da was falsch verstanden