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Wenn du etwas auf ein directory mountest, wird der dortige Inhalt überdeckt, d.h. dein altes /home wirst du nirgends in deinem Dateisystem finden.
Du musst /home wieder umount-en, den Inhalt löschen (sicher gehen, dass du das richtige löschst!), und dann wieder deine SSD draufmounten.
Generell würde ich aber versuchen, das ganze Betriebssystem auf die SSD zu packen, und nur große Sachen, die seltener benutzt werden, auf der HDD zu speichern. Dann kannst du nämlich deine HDD die meiste Zeit schlafen lassen, siehe dazu hdparm.
Außerdem wird dir deine SSD vor allem beim Booten und kurz danach einen Geschwindigkeitsvorteil geben, und der größte Teil an I/O wird dann wahrscheinlich eh nicht in /home stattfinden, sondern in /usr oder sowas. Wenn du schon eine Weile am PC gearbeitet hast, werden die meisten Dateien, auf die zugegriffen wird, in einem RAM-Buffer gehalten, d.h. es wird gar nicht mehr großartig auf die Festplatte zugegriffen.